國土計畫第三階段將依地籍調整功能分區分類界線，少部分土地可能面臨一筆土地屬兩種以上國土功能分區分類，後續將請該功能分區相關主管機關(如環境敏感地區之目的事業主管機關、農業主管機關等)共同協商，或實際勘查檢討界線。