- 直轄市、縣(市)政府應進行未登記工廠資訊調查作業，並擬定直轄市、縣（市）未登記工廠管理（輔導及清理）計畫。就低污染產業、群聚達5公頃以上或在地產業鏈結程度高者，輔導其土地合理及合法使用；就中、高污染或無法輔導廠地合法使用者，則優先朝輔導轉型或遷廠方式處理。是以，農地上的未登記工廠不會全面拆除，而係需經相關管理（輔導及清理）計畫評估後，給予適切的輔導方式。
- 新北市農地未登記工廠主要分布於泰山、五股、三峽、鶯歌等地，未登記工廠密集聚落大多已擬訂新訂或擴大都市計畫、產業園區計畫，除上述區域外，三鶯地區部分未登記工廠已納入未來發展地區，列為輔導範圍，未來將輔導轉型或遷移，或透過變更土地使用程序予以合法化。
- 零星之未登記工廠得依工廠輔導管理法申請納管，並提出工廠改善計畫完成改善者，可申請取得特定工廠登記，維持既有工廠使用。